Η Εθνική Στρατηγική Έξυπνης Εξειδίκευσης (ΕΣΕΕ / RIS3) 2021-2027 καθορίζει τους τομείς στους οποίους η χώρα επικεντρώνει την έρευνα, την καινοτομία και τις επενδύσεις. Πολλά επιδοτούμενα προγράμματα του ΕΣΠΑ απαιτούν το επενδυτικό σχέδιο να συνδέεται με έναν από αυτούς τους τομείς προτεραιότητας ή με την αντίστοιχη περιφερειακή εξειδίκευσή τους.
Οι οκτώ τομείς προτεραιότητας της ΕΣΕΕ 2021-2027 είναι:
Κάθε Περιφέρεια εξειδικεύει περαιτέρω τους παραπάνω τομείς μέσα από τη Διαδικασία Επιχειρηματικής Ανακάλυψης (ΔΕΑ). Για την επιλεξιμότητα ενός επενδυτικού σχεδίου λαμβάνεται υπόψη η περιφερειακή απόληξη του αντίστοιχου τομέα RIS3.